[论文解读] Capacity Achieving Codes for the Wire Tap Channel with Applications to Quantum Key Distribution

Andrew Thangaraj, Souvik Dihidar+3 more|arXiv (Cornell University)|Nov 2, 2004

Quantum Computing Algorithms and Architecture参考文献 13被引用 16

一句话总结

本研究在亚洲俄罗斯的鼩鼱物种中鉴定并表征了新型汉他病毒——阿尔泰病毒（ALTV）、勒拿河病毒（LENV）及其相关变异株，揭示了复杂的跨种传播与病毒多样化。系统发育与基因组分析显示，ALTV及其相关病毒属于 *Mobatvirus* 属，而 SWSV 属于 *Orthohantavirus* 属，共存于相同宿主种群中的不同病毒表明长期的宿主-病毒共同进化及古老的传播事件。

ABSTRACT

The discovery of genetically distinct hantaviruses (family <i>Hantaviridae</i>) in multiple species of shrews, moles and bats has revealed a complex evolutionary history involving cross-species transmission. Seewis virus (SWSV) is widely distributed throughout the geographic ranges of its soricid hosts, including the Eurasian common shrew (<i>Sorex araneus</i>), tundra shrew (<i>Sorex tundrensis</i>) and Siberian large-toothed shrew (<i>Sorex daphaenodon</i>), suggesting host sharing. In addition, genetic variants of SWSV, previously named Artybash virus (ARTV) and Amga virus, have been detected in the Laxmann's shrew (<i>Sorex caecutiens</i>). Here, we describe the geographic distribution and phylogeny of SWSV and Altai virus (ALTV) in Asian Russia. The complete genomic sequence analysis showed that ALTV, also harbored by the Eurasian common shrew, is a new hantavirus species, distantly related to SWSV. Moreover, Lena River virus (LENV) appears to be a distinct hantavirus species, harbored by Laxmann's shrews and flat-skulled shrews (<i>Sorex roboratus</i>) in Eastern Siberia and far-eastern Russia. Another ALTV-related virus, which is more closely related to Camp Ripley virus from the United States, has been identified in the Eurasian least shrew (<i>Sorex minutissimus</i>) from far-eastern Russia. Two highly divergent viruses, ALTV and SWSV co-circulate among common shrews in Western Siberia, while LENV and the ARTV variant of SWSV co-circulate among Laxmann's shrews in Eastern Siberia and far-eastern Russia. ALTV and ALTV-related viruses appear to belong to the <i>Mobatvirus</i> genus, while SWSV is a member of the <i>Orthohantavirus</i> genus. These findings suggest that ALTV and ALTV-related hantaviruses might have emerged from ancient cross-species transmission with subsequent diversification within <i>Sorex</i> shrews in Eurasia.

研究动机与目标

• 调查亚洲俄罗斯鼩鼱种群中汉他病毒的地理分布与遗传多样性。
• 确定新发现的汉他病毒与现有病毒种类之间的系统发育关系。
• 评估跨种传播与共存宿主中不同病毒共循环的证据。
• 基于基因组与系统发育数据，将新发现的病毒归类至已确立的汉他病毒属。

提出的方法

• 对西西伯利亚与东西伯利亚及远东俄罗斯地区鼩鼱物种中的汉他病毒进行全基因组测序。
• 采用最大似然法与贝叶斯推断方法进行系统发育分析，以评估进化关系。
• 通过全基因组序列比对，将病毒归类至已确立的属，如 *Orthohantavirus* 与 *Mobatvirus*。
• 绘制病毒流行率与宿主分布的地理空间图，以推断传播模式。
• 通过RT-PCR与Sanger测序技术鉴定病毒变异株，分析部分及全长基因组。
• 比较基因组学分析以检测分化程度，并支持对新型病毒（如ALTV与LENV）的种级分类。

实验结果

研究问题

• RQ1 阿尔泰病毒（ALTV）与勒拿河病毒（LENV）在亚洲俄罗斯鼩鼱种群中的地理分布如何？
• RQ2 ALTV与SWSV的遗传序列有何异同，这对其进化关系有何启示？
• RQ3 ALTV及其相关病毒是否属于 *Mobatvirus* 属？与该属其他成员有何差异？
• RQ4 在同一种鼩鼱宿主中，存在哪些证据支持不同汉他病毒的跨种传播与共循环？
• RQ5 基于基因组分化与系统发育聚类，新发现的病毒是否代表独立的物种？

主要发现

• ALTV是一种新型汉他病毒，与塞维斯病毒（SWSV）远缘相关，由西西伯利亚的欧亚普通鼩鼱携带。
• LENV是一种独立的汉他病毒，发现于东西伯利亚与远东俄罗斯的拉克曼氏鼩鼱及扁头鼩鼱中。
• 在西西伯利亚的欧亚普通鼩鼱中，ALTV与SWSV这两种高度分化的病毒共循环。
• SWSV的ARTV变异株在拉克曼氏鼩鼱中被检测到，表明存在宿主特异的病毒谱系。
• ALTV及其相关病毒被归类于 *Mobatvirus* 属，而SWSV则属于 *Orthohantavirus* 属。
• 在欧亚小鼩鼱中发现ALTV相关病毒，提示其宿主范围更广，并可能存在古老的跨种传播事件。