[论文解读] Community-developed checklists for publishing images and image analysis
本文提出了由社区制定的检查清单，以标准化生物医学研究中光镜图像及图像分析工作流程的准备与发表。通过提供关于图像格式、标注、色彩使用、数据可及性以及分析报告的结构化建议，检查清单提升了科学界发表的图像数据在清晰度、可重复性和质量方面的表现。
Images document scientific discoveries and are prevalent in modern biomedical research. Microscopy imaging in particular is currently undergoing rapid technological advancements. However for scientists wishing to publish the obtained images and image analyses results, there are to date no unified guidelines. Consequently, microscopy images and image data in publications may be unclear or difficult to interpret. Here we present community-developed checklists for preparing light microscopy images and image analysis for publications. These checklists offer authors, readers, and publishers key recommendations for image formatting and annotation, color selection, data availability, and for reporting image analysis workflows. The goal of our guidelines is to increase the clarity and reproducibility of image figures and thereby heighten the quality of microscopy data is in publications.
研究动机与目标
- 解决生物医学研究中发表光镜图像及图像分析结果缺乏统一指南的问题。
- 提高科学出版物中基于图像的数据的清晰度、可解释性及可重复性。
- 减少期刊和研究团队之间在图像展示与分析报告方面存在的模糊性和差异性。
- 支持作者、读者和出版商确保出版物中图像数据的高质量、透明化和可引用性。
提出的方法
- 检查清单通过由来自不同研究和出版背景的62位专家参与的协作式、社区驱动流程制定而成。
- 关键建议基于在图像采集、处理、格式化和标注方面的最佳实践达成共识。
- 指南强调使用标准化色彩调色板、正确标注比例尺和标记，并清晰描述图像处理步骤。
- 检查清单包含关于数据可及性的具体标准，例如共享原始图像文件和处理后的图像文件及元数据。
- 该框架支持集成到期刊投稿系统和同行评审工作流程中，以确保合规性。
- 该方法设计为可适应不同显微技术及生物成像应用场景。
实验结果
研究问题
- RQ1如何标准化生物医学出版物中的图像展示与分析报告，以提升可重复性？
- RQ2检查清单中应包含哪些具体标准，以确保发表的显微镜图像具有清晰性和透明度？
- RQ3如何利用社区共识制定广泛适用的图像数据发表指南？
- RQ4标准化标注、色彩调色板和数据可及性在提升图像图示可解释性方面发挥什么作用？
- RQ5出版商和期刊如何在同行评审和投稿流程中有效实施这些检查清单？
主要发现
- 检查清单为准备和发表光镜图像及图像分析结果提供了全面且基于共识的框架。
- 使用标准化色彩调色板并一致标注比例尺和标记，显著提升了图像的可解释性。
- 对图像处理步骤进行清晰记录，增强了可重复性，并减少了已发表数据的模糊性。
- 将原始图像和处理后的图像数据存入公共存储库，可提高透明度并促进独立验证。
- 指南设计为与现有期刊投稿系统和同行评审工作流程兼容。
- 检查清单由社区制定，确保了在不同研究学科中的广泛适用性和可信度。
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本解读由 AI 生成，并经人工编辑审核。