[论文解读] Developing the best practices for research software registries and repositories

Thomas E. Morrell, Alice Allen|arXiv (Cornell University)|Apr 2, 2021

Scientific Computing and Data Management被引用 9

一句话总结

本文提出了九项可操作的最佳实践，旨在提升科研软件注册表和存储库在发现性、透明度和长期保存方面的表现。该框架由 FORCE11 软件引用实施工作组制定，指导创建者制定关于范围、作者身份、元数据、使用方式、隐私、保留政策以及生命周期终结程序的公开政策，确保在各研究领域中实现可信性和可持续性。

ABSTRACT

This talk, for the INCF Neuroinformatics Assembly 2021, discusses the Best Practices for Research Software Registries and Repositories" from the FORCE11 Software Citation Implementation Working Group Task Force. It outlines the development of the practices, a summary of each practice, and next steps. The full best practices are available in this preprint: A. Monteil, A. Gonzalez-Beltran, A. Ioannidis, A. Allen, A. Lee, A. Bandrowski, B. E. Wilson, B. Mecum, C. Fan Du, C. Robinson, D. Garijo, D. S. Katz, D. Long, G. Milliken, H. Ménager, J. Hausman, J. H. Spaaks, K. Fenlon, K. Vanderbilt, L. Hwang, L. Davis, M. Fenner, M. R. Crusoe, M. Hucka, M. Wu, N. Chue Hong, P. Teuben, S. Stall, S. Druskat, T. Carnevale, T. Morrell, "Nine Best Practices for Research Software Registries and Repositories: A Concise Guide," arXiv 2012.13117 [cs.DL], 2020.

研究动机与目标

• 解决科研软件注册表和存储库创建与管理缺乏标准化指南的问题。
• 通过正式化软件发现、引用和保存的政策，提升科研的可复现性和透明度。
• 为软件贡献者和用户提供关于范围、使用方式和治理的清晰、公开可访问的政策。
• 为可信、可持续且获得社区认可的软件存储库和注册表奠定基础。
• 提供一种实用、共识驱动的框架，适用于多样化的科学领域和技术基础设施。

提出的方法

• 通过每月电话会议和专门工作坊，由注册表和存储库管理者进行迭代协作，提炼出最佳实践。
• 基于现有注册表和存储库在天文学、生物信息学和地球科学等领域的实际经验，推导出指导原则。
• 正式确立九个核心政策领域：范围声明、用户指南、贡献者指南、作者身份政策、元数据模式共享、使用条件、隐私政策、保留政策以及生命周期终结政策。
• 整合 FORCE11 软件引用实施工作组的反馈，并与 CoreTrustSeal 等更广泛的可信性标准保持一致。
• 提供来自 Zenodo、Dryad 和 CoMSES Net 等成熟平台的具体政策示例和模板。
• 强调通过标准化元数据模式（例如，JSON-LD、CiteAs、引用文件格式）以及支持内容协商，实现互操作性。

实验结果

研究问题

• RQ1 哪些核心政策对于确保科研软件注册表和存储库的长期可持续性和可信性至关重要？
• RQ2 注册表和存储库如何在不同科学领域中改善软件的可发现性和引用实践？
• RQ3 哪些治理和透明机制是支持贡献者和用户对软件存储库信任所必需的？
• RQ4 存储库应如何管理数据保留、隐私和生命周期终结过渡，以确保连续性和保存性？
• RQ5 标准化元数据模式和使用政策在实现科研软件的互操作性和重用中发挥什么作用？

主要发现

• 这九项最佳实践提供了一个全面、共识驱动的框架，用于创建和管理可信的科研软件注册表和存储库。
• 公开的范围声明显著提升了用户期望，并减少了对特定注册表或存储库所接受软件范围的困惑。
• 明确的作者身份和贡献者政策可增强归属认定，减少在协作软件开发中的争议。
• 共享元数据模式（如 Zenodo 和 Software Heritage 所使用的）可实现互操作性，并支持机器可操作的软件发现。
• 保留政策和生命周期终结政策（如 Dryad 和 Zenodo 所采用的）可确保长期访问和保存软件制品的连续性。
• 隐私政策、使用条件和数据许可政策对于法律合规性和用户信任至关重要，特别是在处理敏感或个人数据的存储库中。