[论文解读] gggenomes: effective and versatile visualizations for comparative genomics

Thomas Hackl, Markus J. Ankenbrand+3 more|arXiv (Cornell University)|Nov 5, 2024

Genetics, Bioinformatics, and Biomedical Research被引用 25

一句话总结

gggenomes 是一个扩展 ggplot2 的 R 包，提供用于比较基因组学的多样化可视化，解决整合多数据集以及可扩展、类似交互的绘图工作流的问题。它在 CRAN 和 GitHub 上有完整文档。

ABSTRACT

The effective visualization of genomic data is crucial for exploring and interpreting complex relationships within and across genes and genomes. Despite advances in developing dedicated bioinformatics software, common visualization tools often fail to efficiently integrate the diverse datasets produced in comparative genomics, lack intuitive interfaces to construct complex plots and are missing functionalities to inspect the underlying data iteratively and at scale. Here, we introduce gggenomes, a versatile R package designed to overcome these challenges by extending the widely used ggplot2 framework for comparative genomics. gggenomes is available from CRAN and GitHub, accompanied by detailed and user-friendly documentation (https://thackl.github.io/gggenomes).

研究动机与目标

• 激发对复杂比较基因组数据有效可视化的需求。
• 提出一个通用的 R 包，扩展 ggplot2，以简化多层、整合性基因组绘图的构建。
• 提供可访问的文档以及通过 CRAN 和 GitHub 的简便安装。

提出的方法

• 通过 gggenomes 扩展 ggplot2 框架以支持比较基因组可视化。
• 解决在单一、连贯的绘图系统中整合多样基因组数据集的问题。
• 强调构建复杂绘图并在大规模数据上迭代时的直观界面。

实验结果

研究问题

• RQ1 可视化工具如何在统一的绘图语法中更好地整合异质的比较基因组数据集？
• RQ2 构建和直观、规模化地检查复杂基因组绘图需要哪些功能？
• RQ3 gggenomes 是否为多功能比较基因组可视化提供了对 ggplot2 的实用扩展？

主要发现

• gggenomes 是一个多功能的 R 包，旨在解决比较基因组学中常见的可视化挑战。
• 该包扩展了 ggplot2 框架，使不同基因组数据的可视化更为有效。
• 它可从 CRAN 和 GitHub 获取，并附有全面的文档。