[论文解读] OMICtools: a community-driven search engine for biological data analysis

H Lawrence Perrin, Marion Denorme+8 more|arXiv (Cornell University)|Jul 12, 2017

Genetics, Bioinformatics, and Biomedical Research参考文献 23被引用 4

一句话总结

OMICtools 是一个由社区驱动的开源搜索引擎，索引了超过 18,500 种生物信息学软件工具和数据库，均由生物信息学家和专家手动整理。它使研究人员能够通过用户档案、社区评价和直接链接，发现、评估并引用工具，从而提高可追溯性并加速生物信息学研究。

ABSTRACT

With high-throughput biotechnologies generating unprecedented quantities of data, researchers are faced with the challenge of locating and comparing an exponentially growing number of programs and websites dedicated to computational biology, in order to maximize the potential of their data. OMICtools is designed to meet this need with its open-access search engine offering an easy means of locating the right tools corresponding to each researcher and their specific biological data analyses. The OMICtools website (https://OMICtools.com) centralizes more than 18,500 software tools and databases, manually classified, by a team of biocurators including many scientific experts. Key information, a direct link, and access to discussions and evaluations by the biomedical community are provided for each tool. Anyone can join the OMICtools community and create a profile page, to share their expertise and comment on tools. In addition, developers can directly upload their code versions which are registered for identification and citation in scientific publications, improving research traceability. The OMICtools community links thousands of life scientists and developers worldwide, who use this bioinformatics platform to accelerate their projects and biological data analyses.

研究动机与目标

• 解决在数量迅速增长的可用资源中寻找合适生物信息学工具的日益严峻挑战。
• 提供一个集中化、开放获取的平台，用于索引和分类计算生物学中使用的软件工具和数据库。
• 通过允许开发者直接通过平台上传和引用代码版本，提升研究的可追溯性。
• 通过允许研究人员和开发者创建个人档案、分享专长并参与社区讨论，促进协作。
• 通过整合用户生成的评价、直接链接和每项工具的关键元数据，改善工具的发现与评估。

提出的方法

• 由生物信息学家和科学专家团队手动整理并分类超过 18,500 种软件工具和数据库。
• 实施一个可搜索的网页界面，为每项工具提供直接链接、关键信息以及社区讨论线程。
• 允许用户创建个人档案，以分享专长、对工具进行评分并参与社区讨论。
• 使开发者能够上传并注册带有持久标识符的代码版本，以便在科学出版物中引用。
• 通过整合社区反馈和评估，提升工具的可发现性和可信度。
• 通过作为非营利平台运营并由社区主导内容整理，确保开放获取和可持续性。

实验结果

研究问题

• RQ1 研究人员如何高效地发现并比较日益增长的生物信息学工具和数据库？
• RQ2 哪些机制可以改善科学出版物中生物信息学软件的可追溯性和引用？
• RQ3 社区贡献如何提升工具发现平台的可靠性和可用性？
• RQ4 用户整理和同行评估在提升生物数据分析工具选择方面发挥什么作用？
• RQ5 集中化平台如何支持生命科学家与生物信息学开发人员之间的协作？

主要发现

• OMICtools 索引并托管了超过 18,500 种软件工具和数据库，均由生物信息学家和科学专家手动整理。
• 该平台通过嵌入式链接提供对工具的直接访问，并提供社区讨论和评估的访问途径。
• 用户可创建个人档案以分享专长、评论工具，并为平台的知识库做出贡献。
• 开发者可上传并注册带有持久标识符的代码版本，从而提升软件在研究中的可追溯性和引用能力。
• 该平台将全球数千名生命科学家和开发者联系在一起，加速了生物数据分析和工具发现。
• OMICtools 作为一个非营利、开放获取平台运行，确保了可持续性以及知识库的社区所有权。