[论文解读] Practices in Code Discoverability

Peter Teuben, Alice Allen+2 more|arXiv (Cornell University)|Feb 6, 2012

Scientific Computing and Data Management参考文献 2被引用 3

一句话总结

本文倡議透過重新激活天體物理學原始碼資料庫（ASCL）作為經過同行評閱、可引用的科學原始碼儲存庫，來提升天體物理學領域中原始碼的可發現性。本文主張將原始碼視為與資料同等的學術認可對象，整合至ADS資料庫中，以實現原始碼的引用、引用與長期可重現性，類比於資料在科學基礎建設中的角色。

ABSTRACT

Much of scientific progress now hinges on the reliability, falsifiability and reproducibility of computer source codes. Astrophysics in particular is a discipline that today leads other sciences in making useful scientific components freely available online, including data, abstracts, preprints, and fully published papers, yet even today many astrophysics source codes remain hidden from public view. We review the importance and history of source codes in astrophysics and previous efforts to develop ways in which information about astrophysics codes can be shared. We also discuss why some scientist coders resist sharing or publishing their codes, the reasons for and importance of overcoming this resistance, and alert the community to a reworking of one of the first attempts for sharing codes, the Astrophysics Source Code Library (ASCL). We discuss the implementation of the ASCL in an accompanying poster paper. We suggest that code could be given a similar level of referencing as data gets in repositories such as ADS.

研究动机与目标

• 解決天體物理學領域中科學原始碼持續性未被充分分享的問題，儘管其在可重現研究中扮演關鍵角色。
• 指出原始碼傳播歷史上與持續存在的挑戰，包括因認為原始碼雜亂無章、缺乏職業激勵，以及智慧財產權疑慮所導致的抗拒。
• 推廣ASCL作為一個永續、經過同行評閱的原始碼發現與引用平台，其模式類似於ADS中的資料儲存庫。
• 倡議制度與社群層級承認原始碼為合法、可引用的科學產出，與資料和出版物同等對待。
• 透過系統如ADS實現索引、引用與長期存檔，將原始碼整合至更廣泛的科學基礎建設中。

提出的方法

• 回顧天體物理學中科學原始碼的歷史發展，包括早期的社群共享與互聯網儲存庫的興起。
• 透過文獻回顧、問卷調查與直接與科學家程式設計師互動，分析原始碼分享的障礙，識別文化、制度與技術層面的阻礙。
• 重新審視並重新構想原始的天體物理學原始碼資料庫（ASCL），使其成為經過同行評閱、精心整理且可引用的原始碼儲存庫。
• 建議將ASCL整合至天體物理學資料系統（ADS），以實現類似於資料與出版物的索引、引用與發現功能。
• 倡議採用包含軟體的可重現研究標準，與美國國家科學基金會（NSF）關於資料與軟體存檔的建議一致。
• 透過ASCL模式及其與ADS的整合，展示將原始碼視為第一等科學產物的可行性，此點已在後續論文（Allen et al., 2012）中獲得驗證。

实验结果

研究问题

• RQ1 為何許多天體物理學家即使意識到可重現性的科學價值，仍抗拒分享其原始碼？
• RQ2 如何使科學原始碼具備可發現性、可引用性，並整合至學術傳播生態系中，如同資料一般？
• RQ3 需要哪些制度與文化變革，才能使原始碼被視為合法、經過同行評閱的科學產出？
• RQ4 像ASCL這樣的儲存庫在提升原始碼可發現性與長期保存方面可扮演何種角色？
• RQ5 將原始碼整合至ADS如何提升計算天體物理學中的可重現性與透明度？

主要发现

• 儘管在研究中扮演關鍵角色，許多天體物理學的科學原始碼仍因文化抗拒與缺乏激勵而未對公眾公開。
• ASCL已重新活化為一個經過同行評閱、可引用的科學原始碼儲存庫，著重於長期可發現性與學術基礎建設的整合。
• 原始碼分享對可重現性至關重要，即使原始碼雜亂或缺乏文件，只要產生有效的科學結果，就應予以公開。
• ASCL中的原始碼已成功整合至天體物理學資料系統（ADS），實現類似於資料與出版物的索引、引用與發現功能。
• 當原始碼未被分享時，科學的可重現性將受到損害，制度政策應支援原始碼的存檔與引用，以維持科學聲譽。
• 將原始碼整合至ADS標誌著將軟體視為與資料和同行評閱論文同等的「第一等科學產物」的重要一步。