[论文解读] Ten Quick Tips for Harnessing the Power of ChatGPT/GPT-4 in Computational Biology
本文为计算生物学家提供十条实用提示和提示，以使用 ChatGPT/GPT-4 优化工作流程，涵盖代码重构、科学写作和提示工程，并附有一个用于持续创意的链接 GitHub 仓库。
The rise of advanced chatbots, such as ChatGPT, has sparked curiosity in the scientific community. ChatGPT is a general-purpose chatbot powered by large language models (LLMs) GPT-3.5 and GPT-4, with the potential to impact numerous fields, including computational biology. In this article, we offer ten tips based on our experience with ChatGPT to assist computational biologists in optimizing their workflows. We have collected relevant prompts and reviewed the nascent literature in the field, compiling tips we project to remain pertinent for future ChatGPT and LLM iterations, ranging from code refactoring to scientific writing to prompt engineering. We hope our work will help bioinformaticians to complement their workflows while staying aware of the various implications of using this technology. Additionally, to track new and creative applications for bioinformatics tools such as ChatGPT, we have established a GitHub repository at https://github.com/csbl-br/awesome-compbio-chatgpt. Our belief is that ethical adherence to ChatGPT and other LLMs will increase the efficiency of computational biologists, ultimately advancing the pace of scientific discovery in the life sciences.
研究动机与目标
- 促进在计算生物学中使用 ChatGPT/GPT-4，并概述实际使用场景。
- 提供一组经过筛选的可操作提示，以优化工作流程和与大语言模型的沟通。
- 总结用于改进生物信息学中的代码、分析和科学写作的提示与策略。
- 在LLM迭代发展时强调伦理考量和面向未来的保障。
提出的方法
- 对 ChatGPT/GPT-4 在计算生物学中的适用性现有文献进行回顾。
- 基于作者经验和新兴文献的十条实用提示的汇编。
- 收集并评审用于编码、分析和写作任务的相关 prompts。
- 参阅附带的 GitHub 仓库，以跟踪新的应用和 prompts。
实验结果
研究问题
- RQ1哪些实际提示最能帮助计算生物学家有效利用 ChatGPT/GPT-4？
- RQ2如何设计 prompts 以改进生物信息学中的编码、数据分析和科学写作？
- RQ3在计算生物学中使用 LLM 时，研究人员应注意哪些伦理与面向未来的考量？
主要发现
- 十条可操作提示涵盖从代码重构到科学写作与提示工程的各个方面。
- 收集并评审 prompts 与工作流，以在未来的LLM迭代中保持适用性。
- 已建立附带的 GitHub 仓库，用于跟踪 ChatGPT/GPT-4 在生物信息学中的新颖和创意应用。
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本解读由 AI 生成，并经人工编辑审核。