[论文解读] The need to implement FAIR principles in biomolecular simulations

Rommie E. Amaro, Johan Åqvist+126 more|arXiv (Cornell University)|Jul 23, 2024

Scientific Computing and Data Management被引用 9

一句话总结

本文倡导在生物分子模拟数据中采用 FAIR（可发现、可获取、可互操作、可重用）范式，并呼吁共同努力建立一个社区数据库，以民主化 MD 数据的使用。

ABSTRACT

This letter illustrates the opinion of the molecular dynamics (MD) community on the need to adopt a new FAIR paradigm for the use of molecular simulations. It highlights the necessity of a collaborative effort to create, establish, and sustain a database that allows findability, accessibility, interoperability, and reusability of molecular dynamics simulation data. Such a development would democratize the field and significantly improve the impact of MD simulations on life science research. This will transform our working paradigm, pushing the field to a new frontier. We invite you to support our initiative at the MDDB community (https://mddbr.eu/community/) Now published as: Amaro, R.E., et al. The need to implement FAIR principles in biomolecular simulations. Nat Methods (2025) https://doi.org/10.1038/s41592-025-02635-0

研究动机与目标

• 激励 MD 社区在生物分子模拟中采用 FAIR 数据原则。
• 突出共享数据库在实现获取民主化和加速生命科学研究方面的好处。
• 呼吁协作努力建立用于 FAIR 生物分子模拟数据的标准和基础设施。

提出的方法

• 主张在生物分子模拟领域建立一个以 FAIR 为中心的新范式。
• 提出创建、建立并维持一个专门的 MD 数据库。
• 讨论通过改进数据共享与互操作性来实现 MD 模拟的潜在民主化及其影响。
• 邀请社区参与和支持 MDDB 计划。

实验结果

研究问题

• RQ1 如何将 FAIR 原则有效融入生物分子模拟数据的工作流？
• RQ2 需要哪些基础设施和治理机制来维持一个 FAIR 生物分子模拟数据库？
• RQ3 一个 FAIR MD 数据生态系统将对生命科学研究与协作带来哪些影响？

主要发现

• 基于 FAIR 的方法可以提升 MD 模拟数据的可发现性、可获取性、可互操作性和可重用性。
• 建议将社区驱动的数据库作为一个中心资源，以实现 MD 数据访问的民主化。
• 更广泛的合作与标准化实践对于实现 FAIR 生物分子模拟的收益至关重要。
• 该倡议被视为对该领域及其科学影响的变革性举措。