[논문 리뷰] An empirical guide for producing a dated phylogeny with treePL in a maximum likelihood framework

Kévin J. L. Maurin|arXiv (Cornell University)|2020. 08. 17.

Genomics and Phylogenetic Studies참고 문헌 11인용 수 35

한 줄 요약

본 논문은 최대 우도 프레임워크 내에서 treePL로 시계열 상의 날짜가 부여된 계통수를 얻기 위한 단계별 프로토콜을 제시하고, 재현 가능한 데이터를 포함하며, treePL 결과를 BEAST2로 구축된 계통수와 비교한다.

ABSTRACT

treePL uses a penalised likelihood approach to produce a dated phylogeny in a maximum likelihood framework. Since its publication in 2012, few resources have been developed to explain how to use it properly. In this guide, I provide a step-by-step protocol for producing a dated phylogeny using treePL, based on my experience building a large dated phylogeny with it and conducting additional tests on a smaller phylogeny. I also provide the necessary data to reproduce one of the example phylogenies presented. I compare these treePL phylogenies to BEAST2-built counterparts. Even though I cannot explain precisely how treePL works, the evidence discussed in this guide suggest that the empirical protocol presented is reliable.

연구 동기 및 목표

• 최대 우도 프레임워크 내에서 treePL를 사용하여 시계열 상의 날짜가 부여된 계통수를 생성하기 위한 실용적 프로토콜을 제공한다.
• 크고 작은 계통수를 구축하고 테스트한 경험을 공유한다.
• 예시 계통수를 재현할 수 있는 데이터를 제공하여 방법 평가를 촉진한다.

제안 방법

• ML 시계화에서 treePL 사용을 위한 단계별 프로토콜을 설명한다.
• BEAST2 유도 계통수와의 경험적 테스트 및 비교를 제시한다.
• 적어도 하나의 예시 계통수를 재현할 수 있도록 보충 데이터를 제공한다.
• 관찰 결과를 바탕으로 실증 프로토콜의 신뢰성을 논의한다.

실험 결과

연구 질문

• RQ1 명시적 실증 프로토콜을 따를 때 treePL이 최대 우도 프레임워크 내에서 신뢰할 수 있는 시계열 날짜 계통수를 생성할 수 있는가?
• RQ2 이 맥락에서 treePL 유래의 시계열 날짜 계통수는 BEAST2로 구축된 대응물과 어떻게 비교되는가?
• RQ3 예시 계통수를 재현하고 견고성을 평가하기 위해 어떤 데이터와 테스트가 필요한가?

주요 결과

• 단계별 지도가 포함된 실증 프로토콜은 treePL을 사용하여 날짜가 부여된 계통수를 산출할 수 있다.
• TreePL 계통수를 BEAST2 결과와 비교하여 신뢰성과 방법 간 차이를 제시한다.
• 보충 데이터는 예시 계통수의 재현을 가능하게 한다.