[논문 리뷰] gggenomes: effective and versatile visualizations for comparative genomics

Thomas Hackl, Markus J. Ankenbrand외 3명|arXiv (Cornell University)|2024. 11. 05.

Genetics, Bioinformatics, and Biomedical Research인용 수 25

한 줄 요약

gggenomes는 ggplot2를 확장하여 비교 게놈학에 대한 다재다능한 시각화를 제공하는 R 패키지이며, 다양한 데이터 세트의 통합과 확장 가능하고 인터랙티브에 가까운 플로팅 워크플로우를 해결합니다. CRAN과 GitHub에서 자세한 문서와 함께 이용 가능합니다.

ABSTRACT

The effective visualization of genomic data is crucial for exploring and interpreting complex relationships within and across genes and genomes. Despite advances in developing dedicated bioinformatics software, common visualization tools often fail to efficiently integrate the diverse datasets produced in comparative genomics, lack intuitive interfaces to construct complex plots and are missing functionalities to inspect the underlying data iteratively and at scale. Here, we introduce gggenomes, a versatile R package designed to overcome these challenges by extending the widely used ggplot2 framework for comparative genomics. gggenomes is available from CRAN and GitHub, accompanied by detailed and user-friendly documentation (https://thackl.github.io/gggenomes).

연구 동기 및 목표

• 복잡한 비교 게놈학 데이터의 효과적인 시각화 필요성을 제시한다.
• ggplot2를 확장하여 다층적이고 통합된 게놈 플롯 구성을 간소화하는 다목적 R 패키지를 제안한다.
• CRAN과 GitHub를 통한 쉽게 설치하고 접근 가능한 문서를 제공한다.

제안 방법

• gggenomes로 ggplot2 프레임워크를 확장하여 비교 게놈학 시각화를 지원한다.
• 단일 일관된 플로팅 시스템 내에서 다양한 게놈 데이터 세트의 통합을 다룬다.
• 복잡한 플롯을 구성하고 대규모 데이터를 통해 반복하는 데 직관적인 인터페이스를 강조한다.

실험 결과

연구 질문

• RQ1 시각화 도구가 이질적인 비교 게놈학 데이터 세트를 통합된 플로팅 문법으로 더 잘 통합할 수 있는 방법은 무엇인가?
• RQ2 복잡한 게놈 플롯을 직관적이고 대규모로 구성하고 검사하기 위해 어떤 기능이 필요하기는 한가?
• RQ3 gggenomes가 다재다능한 비교 게놈학 시각화를 위한 ggplot2의 실용적 확장이 되는가?

주요 결과

• gggenomes는 비교 게놈학의 일반적인 시각화 과제를 극복하도록 설계된 다재다능한 R 패키지이다.
• 해당 패키지는 다양한 게놈 데이터를 효과적으로 시각화할 수 있도록 ggplot2 프레임워크를 확장한다.
• CRAN과 GitHub에서 포괄적 문서와 함께 이용 가능하다.