[논문 리뷰] Initial recommendations for performing, benchmarking, and reporting single-cell proteomics experiments

Laurent Gatto, Ruedi Aebersold외 19명|arXiv (Cornell University)|2022. 07. 19.

Advanced Proteomics Techniques and Applications인용 수 20

한 줄 요약

이 논문은 단일 세포 단백질체학 워크플로를 엄격하고 재현 가능하게 만들기 위한 모범 사례, 품질 관리 및 보고 지침을 제공합니다.

ABSTRACT

Analyzing proteins from single cells by tandem mass spectrometry (MS) has become technically feasible. While such analysis has the potential to accurately quantify thousands of proteins across thousands of single cells, the accuracy and reproducibility of the results may be undermined by numerous factors affecting experimental design, sample preparation, data acquisition, and data analysis. Broadly accepted community guidelines and standardized metrics will enhance rigor, data quality, and alignment between laboratories. Here we propose best practices, quality controls, and data reporting recommendations to assist in the broad adoption of reliable quantitative workflows for single-cell proteomics.

연구 동기 및 목표

• 단일 세포 단백질체학에서 정확성과 재현성을 개선하기 위한 커뮤니티 지침의 필요성을 동기 부여합니다.
• 실험 설계, 시료 준비, 데이터 획득 및 데이터 분석을 위한 모범 사례를 제안합니다.
• 교차 실험실 비교를 가능하게 하는 품질 관리 조치와 표준화된 데이터 보고를 권장합니다.

제안 방법

• 단일 세포 단백질체학의 실험 설계 및 워크플로우 선택에 대한 모범 사례를 제안합니다.
• 샘플 준비에서 데이터 분석에 이르기까지 각 단계의 성능을 평가하기 위한 품질 관리 점검 및 벤치마크를 제안합니다.
• 데이터 보고를 위한 권고를 제공하여 산출물을 표준화하고 연구소 간의 비교를 용이하게 합니다.

실험 결과

연구 질문

• RQ1 단일 세포 단백질체학 실험 수행에 필요한 필수 모범 사례는 무엇입니까?
• RQ2 데이터 신뢰성을 보장하기 위해 벤치마킹 및 품질 관리가 어떻게 구현되어야 합니까?
• RQ3 단일 세포 단백질체학에서 연구소 간 데이터 비교 가능성을 높이려면 어떤 보고 표준이 필요합니까?

주요 결과

• 단일 세포 단백질체학 워크플로의 엄격성과 재현성을 향상시키기 위한 모범 사례 모음.
• 실험 단계 전반의 정확성 및 재현성을 모니터링하기 위한 품질 관리 프레임워크가 제안됩니다.
• 데이터 투명성과 연구소 간 비교 용이성을 높이기 위한 보고 권고가 제시됩니다.