[논문 리뷰] Data navigation on the ENCODE portal

Meenakshi S. Kagda, Bonita R. Lam외 32명|arXiv (Cornell University)|2023. 04. 27.

Single-cell and spatial transcriptomics인용 수 8

한 줄 요약

논문은 ENCODE 데이터 포털의 최신 업데이트를 설명하며, 재설계된 홈 페이지, 개선된 검색, 새로운 데이터 컬렉션 페이지, 단일 세포 데이터, 데이터 시각화 및 다운로드를 위한 향상된 장바구니 인터페이스를 포함합니다.

ABSTRACT

Spanning two decades, the Encyclopaedia of DNA Elements (ENCODE) is a collaborative research project that aims to identify all the functional elements in the human and mouse genomes. To best serve the scientific community, all data generated by the consortium is shared through a web-portal (https://www.encodeproject.org/) with no access restrictions. The fourth and final phase of the project added a diverse set of new samples (including those associated with human disease), and a wide range of new assays aimed at detection, characterization and validation of functional genomic elements. The ENCODE data portal hosts results from over 23,000 functional genomics experiments, over 800 functional elements characterization experiments (including in vivo transgenic enhancer assays, reporter assays and CRISPR screens) along with over 60,000 results of computational and integrative analyses (including imputations, predictions and genome annotations). The ENCODE Data Coordination Center (DCC) is responsible for development and maintenance of the data portal, along with the implementation and utilisation of the ENCODE uniform processing pipelines to generate uniformly processed data. Here we report recent updates to the data portal. Specifically, we have completely redesigned the home page, improved search interface, added several new pages to highlight collections of biologically related data (deeply profiled cell lines, immune cells, Alzheimer's Disease, RNA-Protein interactions, degron matrix and a matrix of experiments organised by human donors), added single-cell experiments, and enhanced the cart interface for visualisation and download of user-selected datasets.

연구 동기 및 목표

• ENCODE 데이터 공유의 목적과 포털을 통한 범위를 설명한다.
• 포털 재설계와 새로운 데이터 구성 기능을 설명한다.
• 검색, 데이터 컬렉션 선별 및 사용자 데이터 다운로드 워크플로우의 개선점을 강조한다.
• uniformly processed 데이터를 위한 ENCODE 처리 파이프라인과의 통합을 보여준다.

제안 방법

• 포털 홈 페이지를 탐색 용이하도록 재설계했다.
• 데이터 검색을 쉽게 할 수 있도록 검색 인터페이스를 향상시켰다.
• 생물학적으로 관련된 데이터 컬렉션(예: 깊이 프로파일링된 세포주, 면역세포 등)을 강조하는 페이지를 추가했다.
• 포털 콘텐츠에 단일 세포 실험을 통합했다.
• 사용자가 선택한 데이터 세트를 시각화하고 다운로드할 수 있도록 카트 인터페이스를 향상시켰다.

실험 결과

연구 질문

• RQ1 ENCODE 포털을 어떻게 재설계하여 데이터 탐색과 네비게이션을 개선할 수 있는가?
• RQ2 사용자에게 강조해야 할 새로운 데이터 컬렉션과 분석 유형은 무엇인가?
• RQ3 단일 세포 데이터는 ENCODE 포털 경험에 어떻게 효과적으로 통합될 수 있는가?
• RQ4 데이터 카트 워크플로우의 어떤 변화가 데이터의 시각화 및 다운로드를 최적화하는가?

주요 결과

• ENCODE 포털의 홈 페이지가 완전히 재설계되었다.
• 데이터 탐색을 향상시키기 위해 검색 인터페이스가 개선되었다.
• 생물학적으로 관련된 데이터 컬렉션을 강조하는 새로운 페이지가 추가되었다.
• 포털에 단일 세포 실험이 추가되었다.
• 사용자가 선택한 데이터 세트의 시각화 및 다운로드를 위한 카트 인터페이스가 향상되었다.