[논문 리뷰] Exponential scaling of single-cell RNA-seq in the last decade

Valentine Svensson, Roser Vento‐Tormo외 1명|arXiv (Cornell University)|2017. 04. 05.

Single-cell and spatial transcriptomics인용 수 166

한 줄 요약

지난 10년 간 단일세포 RNA 시퀀싱 데이터의 기하급수적 증가를 이끈 핵심 기술 발전을 다룬 관점이다. 프로토콜과 기술의 개선이 대규모 세포타입 설문조사를 가능하게 하는 방법을 논의한다.

ABSTRACT

The ability to measure the transcriptomes of single cells has only been feasible for a few years, and is becoming an extremely popular assay. While many types of analysis and questions can be answered using single cell RNA-sequencing, a central focus is the ability to survey the diversity of cell types within a sample. Unbiased and reproducible cataloging of distinct cell types requires large numbers of cells. Technological developments and protocol improvements have fuelled a consistent exponential increase in the numbers of cells studied in single cell RNA-seq analyses. In this perspective, we will highlight the key technological developments which have enabled this growth in data.

연구 동기 및 목표

• 대규모 세포 조사에 대한 수요를 강조함으로써 단일세포 RNA-seq의 성장을 연구하는 동기를 제시한다.
• 확장 가능한 단일세포 전사체학을 가능하게 하는 주요 기술적 및 방법론적 발전을 밝힌다.
• 분석된 세포 수가 증가함에 따라 편향되지 않고 재현 가능한 세포 유형 분류가 어떻게 이익을 얻는지 설명한다.

제안 방법

• 단일세포 RNA-seq 연구의 성장에 기여한 기술 개발과 프로토콜 개선을 검토하고 종합한다.
• 이러한 혁신이 세포 유형 발견의 데이터 규모, 다양성 및 접근성에 어떤 영향을 미치는지 논의한다.

실험 결과

연구 질문

• RQ1 지난 10년 간 어떤 기술적 발전이 단일세포 RNA-seq의 기하급수적 확장을 가능하게 했는가?
• RQ2 프로토콜 개선이 주어진 샘플에서 다양한 세포 유형을 조사하는 능력에 어떤 영향을 미치는가?
• RQ3 세포 수의 증가가 편향되지 않고 재현 가능한 세포 유형 목록 작성을 위해 어떤 시사점을 갖는가?

주요 결과

• 기술 및 프로토콜의 발전은 일관되게 단일세포 RNA-seq 데이터의 기하급수적 성장에 연료를 공급해 왔다.
• 데이터의 증가는 샘플 내 세포 다양성에 대한 더 포괄적인 조사를 가능하게 한다.
• 서로 다른 세포 유형의 편향되지 않은 목록 작성을 위해서는 많은 수의 세포를 분석하는 것이 이익이다.