[論文レビュー] Data navigation on the ENCODE portal

Meenakshi S. Kagda, Bonita R. Lam+32 more|arXiv (Cornell University)|Apr 27, 2023

Single-cell and spatial transcriptomics被引用数 8

ひとこと要約

論文は ENCODE データポータルの最近の更新を説明しており、 redesign されたホームページ、強化された検索、新しいデータコレクションページ、シングルセルデータ、データの視覚化とダウンロードのためのカートインターフェースの強化を含みます。

ABSTRACT

Spanning two decades, the Encyclopaedia of DNA Elements (ENCODE) is a collaborative research project that aims to identify all the functional elements in the human and mouse genomes. To best serve the scientific community, all data generated by the consortium is shared through a web-portal (https://www.encodeproject.org/) with no access restrictions. The fourth and final phase of the project added a diverse set of new samples (including those associated with human disease), and a wide range of new assays aimed at detection, characterization and validation of functional genomic elements. The ENCODE data portal hosts results from over 23,000 functional genomics experiments, over 800 functional elements characterization experiments (including in vivo transgenic enhancer assays, reporter assays and CRISPR screens) along with over 60,000 results of computational and integrative analyses (including imputations, predictions and genome annotations). The ENCODE Data Coordination Center (DCC) is responsible for development and maintenance of the data portal, along with the implementation and utilisation of the ENCODE uniform processing pipelines to generate uniformly processed data. Here we report recent updates to the data portal. Specifically, we have completely redesigned the home page, improved search interface, added several new pages to highlight collections of biologically related data (deeply profiled cell lines, immune cells, Alzheimer's Disease, RNA-Protein interactions, degron matrix and a matrix of experiments organised by human donors), added single-cell experiments, and enhanced the cart interface for visualisation and download of user-selected datasets.

研究の動機と目的

• ENCODE データ共有の目的と範囲をポータルを通じて説明する。
• ポータルの最近のリデザインと新しいデータ整理機能を説明する。
• 検索の改善、データコレクションのキュレーション、ユーザーのデータダウンロードワークフローの改善点を強調する。
• 一貫して処理されたデータのための ENCODE 処理パイプラインとの統合を示す。

提案手法

• ポータルのホームページをナビゲーション向けに再設計。
• データ発見を容易にする検索インターフェースを強化。
• 生物学的に関連するデータコレクションを強調するページを追加（例：深くプロファイルされた細胞系、免疫細胞など）。
• ポータルの内容にシングルセル実験を組み込む。
• ユーザーが選択したデータセットを視覚化してダウンロードできるカートインターフェースを強化。

実験結果

リサーチクエスチョン

• RQ1 ENCODE ポータルをどのように再設計すればデータ発見とナビゲーションを改善できるか。
• RQ2 ユーザーに強調すべき新しいデータコレクションとアッセイタイプは何か。
• RQ3 シングルセルデータを ENCODE ポータル体験にどのように効果的に統合できるか。
• RQ4 データカートのワークフローをどのように変更すればデータセットの視覚化とダウンロードを最適化できるか。

主な発見

• ENCODE ポータルのホームページが完全に再設計された。
• 検索インターフェースがデータ発見のために改善された。
• 生物学的に関連するデータのコレクションを強調する新しいページが追加された。
• シングルセル実験がポータルに追加された。
• カートインターフェースが視覚化とダウンロードのために強化された。