[論文レビュー] Initial recommendations for performing, benchmarking, and reporting single-cell proteomics experiments

Laurent Gatto, Ruedi Aebersold+19 more|arXiv (Cornell University)|Jul 19, 2022

Advanced Proteomics Techniques and Applications被引用数 20

ひとこと要約

この論文は、厳密で再現性のある単一細胞プロテオミクスワークフローを実現するためのベストプラクティス、品質管理、および報告ガイドラインを提供します。

ABSTRACT

Analyzing proteins from single cells by tandem mass spectrometry (MS) has become technically feasible. While such analysis has the potential to accurately quantify thousands of proteins across thousands of single cells, the accuracy and reproducibility of the results may be undermined by numerous factors affecting experimental design, sample preparation, data acquisition, and data analysis. Broadly accepted community guidelines and standardized metrics will enhance rigor, data quality, and alignment between laboratories. Here we propose best practices, quality controls, and data reporting recommendations to assist in the broad adoption of reliable quantitative workflows for single-cell proteomics.

研究の動機と目的

• 単一細胞プロテオミクスの精度と再現性を向上させるためのコミュニティガイドラインの必要性を動機づける。
• 実験設計、試料調製、データ取得、データ解析のベストプラクティスを提案する。
• クロスラボでの比較可能性を実現する品質管理措置と標準化データ報告を推奨する。

提案手法

• 単一細胞プロテオミクスの実験設計とワークフロー選択に関するベストプラクティスのセットを提案する。
• 試料調製からデータ解析までの各ステップの性能を評価する品質管理チェックとベンチマークを提案する。
• 出力を標準化し、ラボ間の比較を容易にするデータ報告の推奨事項を提供する。

実験結果

リサーチクエスチョン

• RQ1 単一細胞プロテオミクス実験を実施するための必須のベストプラクティスは何か？
• RQ2 データの信頼性を確保するためにベンチマークと品質管理をどのように実施すべきか？
• RQ3 単一細胞プロテオミクスにおけるクロスラボデータ比較を可能にする報告基準は何か？

主な発見

• 厳密性と再現性を向上させるための推奨ベストプラクティスのセット。
• 実験の各段階での正確性と再現性を監視する品質管理フレームワークが提案されている。
• データの透明性とクロスラボの比較可能性を高めるための報告推奨が提供されている。