[論文レビュー] An empirical guide for producing a dated phylogeny with treePL in a maximum likelihood framework

Kévin J. L. Maurin|arXiv (Cornell University)|Aug 17, 2020

Genomics and Phylogenetic Studies参考文献 11被引用数 35

ひとこと要約

この論文は、最大尤度フレームワーク内でtreePLを用いて日付付 phylogeny を得るためのステップバイステップのプロトコルを提供し、再現可能なデータを含み、treePLの結果をBEAST2で構築された系統樹と比較している。

ABSTRACT

treePL uses a penalised likelihood approach to produce a dated phylogeny in a maximum likelihood framework. Since its publication in 2012, few resources have been developed to explain how to use it properly. In this guide, I provide a step-by-step protocol for producing a dated phylogeny using treePL, based on my experience building a large dated phylogeny with it and conducting additional tests on a smaller phylogeny. I also provide the necessary data to reproduce one of the example phylogenies presented. I compare these treePL phylogenies to BEAST2-built counterparts. Even though I cannot explain precisely how treePL works, the evidence discussed in this guide suggest that the empirical protocol presented is reliable.

研究の動機と目的

• 最大尤度フレームワーク内で日付付系統樹を生成するための実用的なプロトコルを提供する。
• 大規模な日付付系統樹の構築と小規模な系統樹での検証から得られた経験を共有する。
• 例示系統樹を再現可能にするデータを提供し、方法評価を促進する。

提案手法

• ML日付推定におけるtreePLの使用方法をステップバイステップで記述する。
• BEAST2由来の系統樹との経験的な検証と比較を提示する。
• 少なくとも1つの例示系統樹を再現するための補足データを提供する。
• 観測結果に基づく経験的プロトコルの信頼性を論じる。

実験結果

リサーチクエスチョン

• RQ1 明示的な経験的プロトコルに従う場合、treePLは最大尤度フレームワーク内で信頼できる日付付系統樹を生み出せるのか？
• RQ2 この文脈でtreePL由来の日付付系統樹は、BEAST2作成の対応物とどのように比較されるのか？
• RQ3 例示系統樹を再現しロバスト性を評価するために必要なデータとテストは何か？

主な発見

• ステップバイステップのガイダンスを伴う経験的プロトコルは、treePLを用いて日付付系統樹を得ることができる。
• TreePL系統樹はBEAST2の結果と比較され、信頼性と方法間の差異が示される。
• 補足データは例示系統樹の再現を可能にする。