[논문 리뷰] Community-developed checklists for publishing images and image analysis

Christopher Schmied, Michael S. Nelson외 52명|arXiv (Cornell University)|2023. 02. 14.

Cell Image Analysis Techniques참고 문헌 71인용 수 6

한 줄 요약

이 논문은 생물의학 연구에서 광학 현미경 영상 및 영상 분석 워크플로우의 준비와 공개를 표준화하기 위해 공동체가 개발한 체크리스트를 제시한다. 영상 포맷, 주석, 색상 사용, 데이터 가용성, 분석 보고서에 대한 구조화된 권고사항을 제공함으로써, 과학 공동체 전반에서 영상 데이터의 명확성, 재현성, 품질을 향상시킨다.

ABSTRACT

Images document scientific discoveries and are prevalent in modern biomedical research. Microscopy imaging in particular is currently undergoing rapid technological advancements. However for scientists wishing to publish the obtained images and image analyses results, there are to date no unified guidelines. Consequently, microscopy images and image data in publications may be unclear or difficult to interpret. Here we present community-developed checklists for preparing light microscopy images and image analysis for publications. These checklists offer authors, readers, and publishers key recommendations for image formatting and annotation, color selection, data availability, and for reporting image analysis workflows. The goal of our guidelines is to increase the clarity and reproducibility of image figures and thereby heighten the quality of microscopy data is in publications.

연구 동기 및 목표

• 생물의학 연구에서 광학 현미경 영상 및 영상 분석 결과의 공개를 위한 통합된 가이드라인이 부족한 문제를 해결하기 위해.
• 과학 논문 내 영상 기반 데이터의 명확성, 해석 가능성, 재현성을 향상시키기 위해.
• 저널과 연구 팀 간에 영상 제시 방식과 분석 보고서의 모호함과 변동성을 줄이기 위해.
• 저자, 독자, 출판사가 고품질이자 투명하며 인용 가능한 영상 데이터를 논문에 확보하는 데 지원하기 위해.

제안 방법

• 체크리스트는 다양한 연구 및 출판 배경을 가진 62명의 전문가가 참여한 협업 기반의 공동체 주도 과정을 통해 개발되었다.
• 핵심 권고사항은 영상 촬영, 처리, 포맷팅, 주석 부여 분야의 최선의 실천 방식에 대한 합의에서 유도되었다.
• 가이드라인은 표준화된 색상 팔레트, 척도 및 마커의 적절한 레이블링, 영상 처리 단계의 명확한 기술을 강조한다.
• 체크리스트에는 원본 및 처리된 영상 파일과 메타데이터를 공유하는 등의 데이터 가용성에 대한 구체적인 기준이 포함되어 있다.
• 출판사 제출 시스템과 피어 리뷰 워크플로우에 통합될 수 있도록 설계되어 준수를 보장한다.
• 다양한 현미경 기술과 생물 영상 맥락에 적응 가능한 방식으로 설계되었다.

실험 결과

연구 질문

• RQ1 생물의학 논문 내 영상 제시 및 분석 보고 방식을 어떻게 표준화하여 재현성을 향상시킬 수 있는가?
• RQ2 공개된 현미경 영상의 명확성과 투명성을 확보하기 위해 체크리스트에 포함되어야 할 구체적인 기준은 무엇인가?
• RQ3 공동체의 합의를 어떻게 활용하여 영상 데이터 공개를 위한 널리 수용 가능한 가이드라인을 만들 수 있는가?
• RQ4 표준화된 주석, 색상 팔레트, 데이터 가용성이 영상 그림의 해석 가능성 향상에 어떤 역할을 하는가?
• RQ5 출판사와 저널은 피어 리뷰 및 제출 과정에 이러한 체크리스트를 어떻게 효과적으로 구현할 수 있는가?

주요 결과

• 체크리스트는 광학 현미경 영상 및 영상 분석 결과의 준비와 공개를 위한 종합적이고 합의 기반의 프레임워크를 제공한다.
• 표준화된 색상 팔레트와 일관된 척도 바 및 마커 레이블링은 영상의 해석 가능성 향상에 크게 기여한다.
• 영상 처리 단계의 명확한 문서화는 재현성을 높이고 공개된 데이터의 모호함을 줄인다.
• 공개 저장소에 원본 및 처리된 영상 데이터를 포함시킴으로써 투명성이 향상되고 독립적 검증이 가능해진다.
• 가이드라인은 기존의 저널 제출 시스템과 피어 리뷰 워크플로우와 호환되도록 설계되어 있다.
• 공동체 기반으로 개발된 체크리스트의 성격 덕분에 다양한 연구 분야에서 널리 적용 가능하고 신뢰성이 확보된다.