[論文レビュー] Community-developed checklists for publishing images and image analysis

Christopher Schmied, Michael S. Nelson+52 more|arXiv (Cornell University)|Feb 14, 2023

Cell Image Analysis Techniques参考文献 71被引用数 6

ひとこと要約

本論文では、生物医学研究における光顕微鏡画像および画像解析ワークフローの準備と公開を標準化する、コミュニティが開発したチェックリストを提示する。画像フォーマット、アノテーション、色の使用法、データの可用性、解析レポートに関する構造的な推奨事項を提供することで、科学コミュニティ全体における画像データの明確さ、再現可能性、品質が向上する。

ABSTRACT

Images document scientific discoveries and are prevalent in modern biomedical research. Microscopy imaging in particular is currently undergoing rapid technological advancements. However for scientists wishing to publish the obtained images and image analyses results, there are to date no unified guidelines. Consequently, microscopy images and image data in publications may be unclear or difficult to interpret. Here we present community-developed checklists for preparing light microscopy images and image analysis for publications. These checklists offer authors, readers, and publishers key recommendations for image formatting and annotation, color selection, data availability, and for reporting image analysis workflows. The goal of our guidelines is to increase the clarity and reproducibility of image figures and thereby heighten the quality of microscopy data is in publications.

研究の動機と目的

• 生物医学研究における光顕微鏡画像および画像解析結果の公開のための統一されたガイドラインの欠如に対処すること。
• 科学的出版物における画像ベースのデータの明確さ、解釈可能性、再現性を向上させること。
• 学術雑誌および研究グループ間での画像提示および解析レポートにおける曖昧さとばらつきを低減すること。
• 著者、読者、出版者らが、高品質で透明性があり、引用可能な画像データを出版物に確保するのを支援すること。

提案手法

• チェックリストは、多様な研究および出版分野の背景を持つ62名の専門家が参加する共同で行われたプロセスを通じて開発された。
• 主な推奨事項は、画像取得、処理、フォーマット、アノテーション分野におけるベストプラクティスのコンSENSUSから導き出された。
• ガイドラインは、標準化された色パレットの使用、スケールバーおよびマーカーの適切なラベル付け、画像処理手順の明確な記述を強調している。
• チェックリストには、原始画像および処理済み画像ファイルとメタデータの共有を含む、データの可用性に関する具体的な基準が含まれている。
• コンプライアンスを保証するため、ジャーナルの提出システムおよびピアレビューのワークフローへの統合を支援するフレームワークが整備されている。
• アプローチは、さまざまな顕微鏡技術および生物学的イメージングの文脈に適応可能に設計されている。

実験結果

リサーチクエスチョン

• RQ1 どのようにして、生物医学出版物における画像提示および解析レポートを標準化し、再現性を向上させることができるか？
• RQ2 公開された顕微鏡画像の明確さと透明性を保証するためのチェックリストに、どのような具体的な基準を含めるべきか？
• RQ3 コミュニティのコンセンサスを活用して、広く採用可能な画像データ公開ガイドラインを構築するにはどうすればよいか？
• RQ4 標準化されたアノテーション、色パレット、データの可用性は、画像図の解釈可能性をどのように向上させるか？
• RQ5 出版者およびジャーナルは、ピアレビューおよび提出プロセスにおいて、これらのチェックリストを効果的にどのように実装できるか？

主な発見

• チェックリストは、光顕微鏡画像および画像解析結果の準備と公開のための包括的かつコンセンサスに基づいたフレームワークを提供する。
• 標準化された色パレットと一貫したスケールバーおよびマーカーのラベル付けは、画像の解釈可能性を顕著に向上させる。
• 画像処理手順の明確なドキュメント化は、再現性を高め、公表データにおける曖昧さを低減する。
• 公開リポジトリに原始画像および処理済み画像データを含めることで、透明性が向上し、独立した検証が可能になる。
• ガイドラインは、既存のジャーナル提出システムおよびピアレビューのワークフローと互換性を持つように設計されている。
• チェックリストがコミュニティによって開発されたことにより、多様な研究分野にわたる広範な適用可能性と信頼性が保証される。