[論文レビュー] The need to implement FAIR principles in biomolecular simulations

Rommie E. Amaro, Johan Åqvist+126 more|arXiv (Cornell University)|Jul 23, 2024

Scientific Computing and Data Management被引用数 9

ひとこと要約

この論文は生体分子シミュレーションデータに対してFAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable) パラダイムの採用を提唱し、MDデータの利用を民主化するコミュニティデータベースを構築する共同努力を呼びかけている。

ABSTRACT

This letter illustrates the opinion of the molecular dynamics (MD) community on the need to adopt a new FAIR paradigm for the use of molecular simulations. It highlights the necessity of a collaborative effort to create, establish, and sustain a database that allows findability, accessibility, interoperability, and reusability of molecular dynamics simulation data. Such a development would democratize the field and significantly improve the impact of MD simulations on life science research. This will transform our working paradigm, pushing the field to a new frontier. We invite you to support our initiative at the MDDB community (https://mddbr.eu/community/) Now published as: Amaro, R.E., et al. The need to implement FAIR principles in biomolecular simulations. Nat Methods (2025) https://doi.org/10.1038/s41592-025-02635-0

研究の動機と目的

• 生体分子シミュレーションのためにMDコミュニティがFAIRデータ原則を採用するよう動機づける。
• アクセスの民主化と生命科学研究の加速のために共有データベースの利点を強調する。
• FAIRな生体分子シミュレーションデータの標準とインフラを確立するための協力的努力を呼びかける。

提案手法

• 生体分子シミュレーション分野における新しいFAIR中心のパラダイムを提唱する。
• 専用MDデータベースの創設、確立、維持を提案する。
• データ共有と相互運用性の改善を通じたMDシミュレーションの民主化と影響の可能性について論じる。
• MDDBイニシアティブへのコミュニティ参加と支援を呼びかける。

実験結果

リサーチクエスチョン

• RQ1 FAIR原則を生体分子シミュレーションデータのワークフローに効果的に統合するにはどうすればよいか？
• RQ2 FAIRな生体分子シミュレーションデータベースを維持するには、どのようなインフラストラクチャとガバナンスが必要か？
• RQ3 FAIR MDデータエコシステムが生命科学研究と協働にどのような影響を与えるか？

主な発見

• FAIR対応のアプローチはMDシミュレーションデータのFindability、Accessibility、Interoperability、Reuse性を向上させることができる。
• MDデータへのアクセスを民主化する中心資源として、コミュニティ主導のデータベースが提案されている。
• FAIRな生体分子シミュレーションの利点を実現するには、より広い協力と標準化された実践が不可欠である。
• このイニシアティブは分野と科学的影響にとって変革的であると位置づけられている。