[논문 리뷰] OMICtools: a community-driven search engine for biological data analysis

H Lawrence Perrin, Marion Denorme외 8명|arXiv (Cornell University)|2017. 07. 12.

Genetics, Bioinformatics, and Biomedical Research참고 문헌 23인용 수 4

한 줄 요약

OMICtools는 생물정보학 소프트웨어 도구와 데이터베이스를 수작업으로 큐레이션한 생물학자 큐레이터와 전문가들이 기반을 둔 커뮤니티 주도형 오픈 액세스 검색 엔진입니다. 18,500개 이상의 도구를 인덱싱하며, 연구자들이 사용자 프로필, 커뮤니티 리뷰, 직접 링크를 통해 도구를 탐색하고 평가하고 인용할 수 있도록 하여 추적 가능성과 생물정보학 연구의 가속화를 도모합니다.

ABSTRACT

With high-throughput biotechnologies generating unprecedented quantities of data, researchers are faced with the challenge of locating and comparing an exponentially growing number of programs and websites dedicated to computational biology, in order to maximize the potential of their data. OMICtools is designed to meet this need with its open-access search engine offering an easy means of locating the right tools corresponding to each researcher and their specific biological data analyses. The OMICtools website (https://OMICtools.com) centralizes more than 18,500 software tools and databases, manually classified, by a team of biocurators including many scientific experts. Key information, a direct link, and access to discussions and evaluations by the biomedical community are provided for each tool. Anyone can join the OMICtools community and create a profile page, to share their expertise and comment on tools. In addition, developers can directly upload their code versions which are registered for identification and citation in scientific publications, improving research traceability. The OMICtools community links thousands of life scientists and developers worldwide, who use this bioinformatics platform to accelerate their projects and biological data analyses.

연구 동기 및 목표

• 급격히 증가하는 생물정보학 자원 중에서 적절한 도구를 찾는 데 직면한 점점 커지는 과제를 해결하기 위해.
• 생물정보학 계산에서 사용되는 소프트웨어 도구와 데이터베이스를 색인하고 분류하는 통합된 오픈 액세스 플랫폼을 제공하기 위해.
• 개발자가 플랫폼을 통해 직접 코드 버전을 업로드하고 인용 가능 식별자를 부여함으로써 연구의 추적 가능성을 향상시키기 위해.
• 연구자와 개발자가 프로필을 만들고 전문 지식을 공유하고 커뮤니티 토론에 참여할 수 있도록 하여 협업을 촉진하기 위해.
• 사용자가 생성한 리뷰, 직접 링크, 각 도구의 핵심 메타데이터를 통합함으로써 도구 탐색과 평가를 향상시키기 위해.

제안 방법

• 생물학자 큐레이터와 과학 전문가 팀을 활용해 18,500개 이상의 소프트웨어 도구와 데이터베이스를 수작업으로 큐레이션하고 분류하기 위해.
• 각 도구에 대한 직접 링크, 핵심 정보, 커뮤니티 토론 스레드를 제공하는 검색 가능한 웹 인터페이스를 구현하기 위해.
• 사용자가 전문 지식을 공유하고 도구를 평가하며 커뮤니티 토론에 참여할 수 있도록 개인 프로필을 생성할 수 있도록 하기 위해.
• 개발자가 코드 버전을 업로드하고 영구 식별자를 통해 등록함으로써 과학적 논문에서의 소프트웨어 추적 가능성과 인용 가능성을 향상시키기 위해.
• 커뮤니티 피드백과 평가를 통합하여 도구의 탐색 가능성과 신뢰성을 향상시키기 위해.
• 비영리 플랫폼으로 운영되어 커뮤니티 주도의 콘텐츠 큐레이션을 통해 개방형 액세스와 지속 가능성을 확보하기 위해.

실험 결과

연구 질문

• RQ1 연구자들은 증가하는 생물정보학 도구와 데이터베이스의 수를 효율적으로 탐색하고 비교할 수 있는가?
• RQ2 과학 논문에서 생물정보학 소프트웨어의 추적 가능성과 인용 가능성을 향상시키기 위한 메커니즘은 무엇인가?
• RQ3 커뮤니티 기여는 도구 탐색 플랫폼의 신뢰성과 사용 용이성을 어떻게 향상시킬 수 있는가?
• RQ4 사용자 큐레이션과 동료 평가는 생물학적 데이터 분석을 위한 도구 선택을 향상시키는 데 어떤 역할을 하는가?
• RQ5 통합된 플랫폼은 생명과학 연구자와 생물정보학 개발자 간의 협업을 어떻게 지원할 수 있는가?

주요 결과

• OMICtools는 생물학자 큐레이터와 과학 전문가에 의해 수작업으로 큐레이션된 18,500개 이상의 소프트웨어 도구와 데이터베이스를 호스팅하고 색인합니다.
• 플랫폼은 임bedded 링크를 통해 도구에 직접 액세스할 수 있도록 하며, 커뮤니티 토론과 평가에 접근할 수 있도록 합니다.
• 사용자는 전문 지식을 공유하고 도구에 댓글을 달며 플랫폼의 지식 기반에 기여할 수 있는 프로필을 만들 수 있습니다.
• 개발자는 영구 식별자를 부여받아 코드 버전을 업로드하고 등록함으로써 연구에서 소프트웨어의 추적 가능성과 인용 가능성을 향상시킬 수 있습니다.
• 플랫폼은 전 세계 수천 명의 생명과학 연구자와 개발자를 연결하여 생물학적 데이터 분석과 도구 탐색의 가속화를 이룹니다.
• OMICtools는 비영리 오픈 액세스 플랫폼으로 운영되어 지속 가능성과 지식 기반에 대한 커뮤니티 소유권을 보장합니다.