[論文レビュー] OMICtools: a community-driven search engine for biological data analysis

H Lawrence Perrin, Marion Denorme+8 more|arXiv (Cornell University)|Jul 12, 2017

Genetics, Bioinformatics, and Biomedical Research参考文献 23被引用数 4

ひとこと要約

OMICtoolsは、18,500以上の生物学的ソフトウェアツールおよびデータベースを手作業でバイオキュレーターと専門家がキュレートした、コミュニティ主導のオープンアクセス検索エンジンです。研究者がユーザーのプロフィール、コミュニティレビュー、直接リンクを通じてツールを発見・評価・引用できるようにし、トレーサビリティを向上させ、バイオインフォマティクス研究を加速します。

ABSTRACT

With high-throughput biotechnologies generating unprecedented quantities of data, researchers are faced with the challenge of locating and comparing an exponentially growing number of programs and websites dedicated to computational biology, in order to maximize the potential of their data. OMICtools is designed to meet this need with its open-access search engine offering an easy means of locating the right tools corresponding to each researcher and their specific biological data analyses. The OMICtools website (https://OMICtools.com) centralizes more than 18,500 software tools and databases, manually classified, by a team of biocurators including many scientific experts. Key information, a direct link, and access to discussions and evaluations by the biomedical community are provided for each tool. Anyone can join the OMICtools community and create a profile page, to share their expertise and comment on tools. In addition, developers can directly upload their code versions which are registered for identification and citation in scientific publications, improving research traceability. The OMICtools community links thousands of life scientists and developers worldwide, who use this bioinformatics platform to accelerate their projects and biological data analyses.

研究の動機と目的

• 急速に増加するリソースの中から適切なバイオインフォマティクスツールを特定するという課題に対処する。
• 計算生物学で使用されるソフトウェアツールおよびデータベースをインデックス化・分類する、中央集権的でオープンアクセスのプラットフォームを提供する。
• 開発者が直接プラットフォームを通じてコードのバージョンをアップロード・引用できる仕組みを提供することで、研究のトレーサビリティを向上させる。
• 研究者および開発者がプロフィールを作成し、専門知識を共有し、コミュニティディスカッションに参加できるようにすることで、協働を促進する。
• ユーザー生成のレビュー、直接リンク、各ツールの主要メタデータを統合することで、ツールの発見および評価を改善する。

提案手法

• バイオキュレーターおよび科学専門家のチームを用いて、18,500以上のソフトウェアツールおよびデータベースを手作業でキュレートおよび分類する。
• 各ツールについて直接リンク、主要情報、コミュニティディスカッションスレッドを提供する検索可能なWebインターフェースを実装する。
• ユーザーが専門知識を共有し、ツールを評価し、コミュニティディスカッションに参加できる個人プロフィールを作成できるようにする。
• 開発者がコードのバージョンをアップロード・登録でき、引用に使用可能な恒久的識別子を付与できるようにする。
• コミュニティからのフィードバックおよび評価を統合し、ツールの発見可能性および信頼性を向上させる。
• コミュニティ主導のコンテンツキュレーションを通じて、非営利プラットフォームとしての運営により、オープンアクセス性と持続可能性を確保する。

実験結果

リサーチクエスチョン

• RQ1 研究者は、増加を続けるバイオインフォマティクスツールおよびデータベースの数を、どのように効率的に発見・比較できるか？
• RQ2 科学的論文におけるバイオインフォマティクスソフトウェアのトレーサビリティおよび引用を向上するためのメカニズムは何か？
• RQ3 コミュニティの貢献は、ツール発見プラットフォームの信頼性および使いやすさをどのように向上させるか？
• RQ4 ユーザーによるキュレーションおよびピアレビューは、生物学的データ解析のためのツール選定をどのように改善するか？
• RQ5 中央集権的なプラットフォームは、ライフサイエンティストとバイオインフォマティクス開発者の間の協働をどのように支援するか？

主な発見

• OMICtoolsは、バイオキュレーターおよび科学専門家によって手作業でキュレートされた18,500以上のソフトウェアツールおよびデータベースをホスティングおよびインデックス化している。
• プラットフォームは、埋め込みリンクを通じてツールへの直接アクセスを可能にし、コミュニティディスカッションおよび評価へのアクセスも提供している。
• ユーザーは専門知識を共有し、ツールについてコメントし、プラットフォームの知識基盤に貢献できるプロフィールを作成できる。
• 開発者はコードのバージョンをアップロード・登録でき、恒久的識別子を付与することで、研究におけるソフトウェアのトレーサビリティおよび引用性が向上している。
• プラットフォームは、世界中の数千ものライフサイエンティストおよび開発者を結びつけ、生物学的データ解析およびツール発見を加速している。
• OMICtoolsは非営利のオープンアクセスプラットフォームとして運営されており、知識基盤の持続可能性およびコミュニティ主導の所有権を確保している。